基因體醫學國家型研究計畫

基礎基因體研究核心設施使用者委員會

 

一、日期: 9315 ()  上午1030

二、地點: 國立陽明大學基因體研究中心

三、主席:胡念台 教授

四、出席人員:謝豐舟 教授(請假)、邢禹依 教授、孫孝芳 教授

            周成功 教授(請假)、張玉生 教授(請假)

五、列席人員:蕭廣仁 教授、林奇宏 教授、蔡世峰 教授、劉孜孜 博士、白沛芳 小姐(基因體辦公室)、賴婉仍 小姐(基因體辦公室)

            

六、服務現狀報告: (詳附件)

補充兩項服務:

1.計畫名稱:「Klebsiella pneumoniae , 5.4Mb, 10X sequencing 90,433 reads)」

計畫委託單位:國家衛生研究院

2.計畫名稱:「Methylococcus capsulatus, 5.4Mb, 8X sequencing 95,441 reads)」

計畫委託單位:中央研究院

七、討論事項

討論項目一、 移除收費標準中「Library Clone Picking」項目。

   說明:本服務項目本為服務紅麴計畫所特別增設,該項計畫已完成亦未使用該本項服務,預計未來使用的機會並不多,擬從收費項目上移除。

決議:自收費項目中移除Library Clone Picking之服務,但另外於服務項目中增加『其他特殊服務項目』,載明有此服務需要者另洽定序核心設施辦理。

討論項目二、國科會一般專題研究計畫於計畫申請時如何提出核心設施服務之申請。

   說明:國科會一般專題研究計畫並沒有各項核心設施服務之表格可供研究計畫申請人提出使用需求之申請,目前計畫辦公室只接受各基因體醫學國家型計畫主持人,以追加經費的方式,於經費核定後提出核心設施服務的申請及審查,一般專題研究計畫之主持人則大多不知如何提出核心設施之服務申請。

決議:為使核心設施的服務對象能夠擴及除了基因體醫學國家型計畫之外的其他國家型計畫或一般專題研究計畫,建議國科會:

1.)  由計畫辦公室提撥部分基因體醫學國家型計畫之經費,透過計畫辦公室審查,支援其他非基因體醫學之國家型計畫及國科會一般專題研究計畫使用核心設施之服務費用。

2.)  國科會在一般專題研究計畫之說明中能加入核心設施使用之說明,並將核心服務申請表格加在專題研究計畫表格中。

八、臨時動議

議題:定序核心設施第三年原計畫經費設備費經國科會審核刪減82﹪,將無法達到計畫預期之6000筆定序/天工作量目標,維持目前定序能量(4000筆定序/天)亦有困難。

     說明:核心設施於第二年按原定計畫提出三台定序儀之申請,核定時刪減為一台;第三年按原定計畫提出一台定序儀之申請亦遭刪除,且其他設備亦多數被刪,如此以目前第一、第二年計畫補助所購置的定序儀將只能勉強達到4000筆定序/天的產能。此外,現在的使用者大多要求較好品質(PhredQ≧20)、讀長800bp以上的定序服務,目前使用的ABI 3700定序儀並無法達到如此的品質,新機型ABI 3730定序儀才能達到讀長800bp以上的服務品質需求。

核心設施在維持既有的人力支援,以3台ABI 3730xl,2台ABI 3700定序儀之設備,約可維持每天4000筆定序資料之產出。但第一年計畫補助購置之2台ABI 3700定序儀提供服務已達2年,經水稻、紅麴等定序計畫高量使用折損,目前機器使用之妥善率已明顯下降,不僅增加維修成本之負擔,並且定序品質無法達到800bp以上之讀長,相對地亦增加定序之成本。

       決議:考慮機器使用之妥善率及維持定序服務品質及能量之穩定性,建議核心設施將兩部舊型ABI 3700定序儀升級更新為使用妥善率及定序品質較好的3730xl定序儀兩部,以維持目前定序能量,並提供使用者較好及穩定之定序服務品質。